rheology_flowcurvefit

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.14.8%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22%2C%20app_title%3D%22rheology_flowcurvefit%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20sys%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20return%20(mo%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Aasync%20def%20_()%3A%0A%20%20%20%20from%20pyodide.http%20import%20pyfetch%0A%0A%20%20%20%20response%20%3D%20await%20pyfetch(%22https%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2Fcaggionim%2Fmarimo_rheofit%2Frefs%2Fheads%2Fmain%2Fmodels.py%22)%0A%20%20%20%20with%20open('models.py'%2C%20'wb')%20as%20file%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20file.write(await%20response.bytes())%0A%0A%20%20%20%20response%20%3D%20await%20pyfetch(%22https%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2Fcaggionim%2Fmarimo_rheofit%2Frefs%2Fheads%2Fmain%2Frheo_widgets.py%22)%0A%20%20%20%20with%20open('rheo_widgets.py'%2C%20'wb')%20as%20file%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20file.write(await%20response.bytes())%0A%0A%20%20%20%20import%20micropip%0A%0A%20%20%20%20await%20micropip.install(%22latexify-py%22)%0A%20%20%20%20await%20micropip.install(%22openpyxl%22)%0A%20%20%20%20await%20micropip.install(%22xlrd%22)%0A%20%20%20%20await%20micropip.install(%22lmfit%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20latexify%0A%20%20%20%20import%20openpyxl%0A%20%20%20%20import%20lmfit%0A%0A%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%20%20%20%20import%20matplotlib.pyplot%20as%20plt%0A%20%20%20%20from%20pathlib%20import%20Path%0A%20%20%20%20import%20io%0A%20%20%20%20import%20math%0A%0A%20%20%20%20from%20models%20import%20model_dict%0A%20%20%20%20from%20rheo_widgets%20import%20make_ui_parameters%2C%20make_parameters_from_ui%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20io%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20latexify%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20make_parameters_from_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20make_ui_parameters%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20model_dict%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pd%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%23%20Rheology%20flow%20curve%20analysis%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20select_file%20%3D%20mo.ui.file(label%3D%22upload%20file%22)%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%22%22%23%23%20Upload%20data%0A%0A%20%20%20%20Upload%20file%20for%20analysis%3A%20%7Bselect_file%7D%0A%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(select_file%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(io%2C%20mo%2C%20pd%2C%20select_file)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(select_file.contents()%20is%20None)%0A%0A%20%20%20%20data_file%20%3D%20pd.ExcelFile(io.BytesIO(select_file.contents())%2C%20engine%3D%22xlrd%22)%0A%0A%20%20%20%20step_list%20%3D%20data_file.sheet_names%0A%20%20%20%20select_step%20%3D%20mo.ui.dropdown(options%3Dstep_list)%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%22%22%23%23%20Select%20measurement%20step%0A%0A%20%20%20%20Select%20procedure%20step%20for%20analysis%3A%20%7Bselect_step%7D%0A%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20data_file%2C%20select_step%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20model_dict)%3A%0A%20%20%20%20select_model%20%3D%20mo.ui.dropdown(options%3Dmodel_dict)%0A%20%20%20%20weight_model%20%3D%20mo.ui.radio(options%3D%5B%22absolute%22%2C%20%22relative%22%5D%2C%20value%3D%22relative%22)%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%22%22%23%23%20Select%20Model%0A%0A%20%20%20%20Select%20model%3A%20%7Bselect_model%7D%0A%0A%20%20%20%20Select%20residual%20weight%3A%20%7Bweight_model%7D%0A%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20select_model%2C%20weight_model%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(latexify%2C%20mo%2C%20select_model)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(select_model.value%20%3D%3D%20None)%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%22%22%23%23%20Model%20Expression%0A%0A%20%20%20%20%24%7Blatexify.get_latex(select_model.value.func)%7D%24%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(make_ui_parameters%2C%20mo%2C%20select_model)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(select_model.value%20is%20None)%0A%20%20%20%20get_state%2C%20set_state%20%3D%20mo.state(None)%0A%0A%0A%20%20%20%20ui_parameter%20%3D%20make_ui_parameters(select_model.value.make_params())%0A%20%20%20%20ui_parameter.hstack()%0A%20%20%20%20return%20(ui_parameter%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20min_shear_rate%20%3D%20mo.ui.text(label%3D%22minimum%20shear%20rate%22%2C%20value%3Dstr(0.01))%0A%20%20%20%20max_shear_rate%20%3D%20mo.ui.text(label%3D%22max%20shear%20rate%22%2C%20value%3Dstr(10000))%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmin_shear_rate%2C%20max_shear_rate%5D)%0A%20%20%20%20return%20max_shear_rate%2C%20min_shear_rate%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20data_file%2C%0A%20%20%20%20make_parameters_from_ui%2C%0A%20%20%20%20max_shear_rate%2C%0A%20%20%20%20min_shear_rate%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20select_file%2C%0A%20%20%20%20select_model%2C%0A%20%20%20%20select_step%2C%0A%20%20%20%20ui_parameter%2C%0A%20%20%20%20weight_model%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20from%20models%20import%20plot_fit_res%0A%0A%20%20%20%20mo.stop(select_file.value%20is%20None)%0A%20%20%20%20mo.stop(select_model.value%20is%20None)%0A%0A%20%20%20%20model%20%3D%20select_model.value%0A%20%20%20%20FC%20%3D%20data_file.parse(sheet_name%3Dselect_step.value%2C%20skiprows%3D%5B0%2C%202%5D)%0A%20%20%20%20params%20%3D%20make_parameters_from_ui(model%2C%20ui_parameter)%0A%0A%20%20%20%20condition%20%3D%20(FC%5B%22Shear%20rate%22%5D%20%3E%20float(min_shear_rate.value))%20%26%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20FC%5B%22Shear%20rate%22%5D%20%3C%20float(max_shear_rate.value)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20if%20weight_model.value%20%3D%3D%20%22relative%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20weight%20%3D%20condition%20%2F%20FC%5B%22Shear%20rate%22%5D%0A%20%20%20%20elif%20weight_model.value%20%3D%3D%20%22absolute%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20weight%20%3D%20condition%0A%0A%0A%20%20%20%20res%20%3D%20model.fit(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20FC%5B%22Stress%22%5D%2C%20x%3DFC%5B%22Shear%20rate%22%5D%2C%20weights%3Dweight%2C%20params%3Dparams%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%22%22%7Bmo.as_html(plot_fit_res(res%2C%20min_shear_rate%3Dmin_shear_rate.value%2C%20max_shear_rate%3Dmax_shear_rate.value))%7D%0A%0A%20%20%20%20%7Bmo.as_html(res)%7D%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A